Hola, Roberto.
No, no deberías tener ningún problema de pérdida de información.
En cuanto a otro tipo de problemas con las webs hospedadas, depende de como configures el firewall. Si alguna web realiza una conexión con un servidor por un puerto que está bloqueado en el firewall, por ejemplo. O si configuras el firewall para detener los scripts que envíen demasiados e-mails tendrás problemas para alojar páginas web que tengan listas de correo.
Debes conocer las webs que tienes alojadas y configurar el firewall apropiadamente o avisar a tus usuarios con la antelación suficiente de los cambios que vas a hacer en el servidor para que puedan adaptar sus páginas si es necesario.
En cualquier caso, es posible tener instalado CSF sin activarlo para poder examinar con calma todas sus opciones de configuración y analizar los posibles conflictos que se pueden presentar.